Konflikt kompetencí mezi mocí výkonnou a soudní

Rozhodováním sporů o věcnou příslušnost však není pravomoc zmíněného zvláštního senátu vyčerpána, právě naopak. Jeho prvořadým úkolem je rozhodovat spory, které vznikají mezi soudy (jakýmikoli) na jedné straně a orgány výkonné moci, územní, zájmové nebo profesní samosprávy na straně druhé (tzv. kompetenční konflikty). Rozhodováním těchto sporů mezi justicí a exekutivou není vhodné pověřovat některý ze soudů stávající soustavy, jako tomu bylo v letech 1993 - 2002, kdy tyto spory rozhodovaly vrchní soudy (v praxi vždy Vrchní soud v Praze), protože by se rozhodující soud mohl stát „soudcem ve své vlastní věci“. Bylo proto vhodnější vytvořit speciální orgán, byť soudního typu, který věc samu v žádném případě rozhodovat nebude a musí posoudit jen otázku, zda věc má rozhodnout správní orgán nebo soud. Řešení této otázky má ovšem širokou závaznost a fakticky - třebaže jde o rozhodnutí kompetenčního konfliktu v jednotlivé konkrétní věci - působí svou autoritou jako významný precedent.