Kompetenční žaloby

Nejvyšší správní soud vede také řízení o kompetenčních žalobách (§ 97 a násl. s. ř. s.). Kompetenční spor vzniká buď mezi orgánem státní správy a orgánem samosprávy nebo mezi orgány samosprávy vzájemně (například mezi orgánem obce a orgánem kraje) o to, kdo má v určité věci vydat rozhodnutí. V praxi jsou častější negativní kompetenční spory (obě strany sporu mají za to, že do jejich kompetence rozhodování nepatří), stávají se však i případy opačné (kdy například účastník řízení zjistí, že o jeho (totožné) věci rozhodoval jak orgán státní správy, tak i orgán samosprávy). Nejvyššímu správnímu soudu jsou svěřeny k rozhodování také spory mezi ústředními orgány státní správy navzájem (například spor o to, kdo má vydat rozhodnutí, vzniklý mezi dvěma ministerstvy). Protože u těchto „meziministerských sporů“ pravidelně jde o posuzování velmi komplikovaných a právně náročných otázek se značně širokým praktickým dopadem, uložil zákonodárce rozhodovat tyto spory také Nejvyššímu správnímu soudu v řízení o kompetenčních žalobách (ačkoli tu vlastně nejde o spor o kompetence, ale o spor o věcnou příslušnost mezi správními úřady).