Nejvyšší správní soud sídlí v Brně. Je vrcholným soudním orgánem ve věcech patřících do pravomoci soudů ve správním soudnictví.

Soustavu soudů ve správním soudnictví tvoří jednak krajské soudy, u nichž je správní soudnictví od další pravomoci odděleno pouze vnitřní organizací příslušného soudu, a jednak Nejvyšší správní soud, který je soudním orgánem specializovaným  výlučně pro oblasti správního soudnictví.  Nejvyšší správní soud, jako soud především kasační, dbá v rámci své činnosti o zákonnost a jednotu rozhodování krajských soudů a správních orgánů tím, že rozhoduje o kasačních stížnostech směřujících proti pravomocným rozhodnutím krajských soudů ve správním soudnictví, jimiž se stěžovatelé domáhají zrušení napadených rozhodnutí. Tato ochrana proti nezákonným rozhodnutím správního orgánu je dále nově doplněna o ochranu před jeho nečinností a před nezákonnými zásahy správního orgánu.

Nejvyšší správní soud dále rozhoduje ve věcech volebních, ve věcech rozpuštění politických stran a politických hnutí, pozastavení nebo znovuobnovení jejich činnosti. Nejvyšší správní soud také rozhoduje o kasačních stížnostech proti rozhodnutím krajských soudů ve věcech zrušení opatření obecné povahy nebo jejich částí pro rozpor se zákonem, stejně jako o kasačních stížnostech ve věcech místního a krajského referenda.

Do pravomoci Nejvyššího správního soudu patří rovněž rozhodování některých kladných nebo záporných kompetenčních sporů mezi orgány veřejné správy. Nejvyšší správní soud je také kárným soudem pro řízení ve věcech soudců, státních zástupců a exekutorů.